وی پایان نیم فصل اول همان سال از این تیم جدا شد و بعد از 13 سال مجددا به تیم پرسپولیس پیوست و پس از عقد قرارداد با این تیم اعلام کرد پرسپولیس آخرین باشگاه دوران بازیگری وی است.

 

 

#	تاریخ	محل برگزاری	حریف	نتیجه	دست آورد	مسابقات
١	۲۱ آوریل ۱۹۹۷	تبریز، ایران	کنیا	۳–۰	برنده	دوستانه
٢	٢ ژوئن ۱۹۹۷	دمشق، سوریه	مالدیو	١٧–٠	برنده	مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸
٣	۱۱ ژوئن ۱۹۹۷	تهران، ایران	مالدیو	٩–٠	برنده	مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸
۴	۱۳ سپتامبر ۱۹۹۷	دالیان، چین	چین	۴–۲	برنده	مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸
۵	۱۳ سپتامبر ۱۹۹۷	دالیان، چین	چین	۴–۲	برنده	مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸
۶	٣١ ژانویه ١٩٩٨	هنگ کنگ، هنگ کنگ	شیلی	۱–۱	تساوی	دوستانه
٧	٢١ ژوئن ١٩٩٨	لیون، فرانسه	ایالات متحده آمریکا	۲–۱	برنده	جام جهانی ۱۹۹۸
٨	١۶ ژانویه ٢٠٠٠	پاسادینا، ایالات متحده	ایالات متحده آمریکا	۱–۱	تساوی	دوستانه
٩	٣١ مارس ٢٠٠٠	حلب، سوریه	مالدیو	۸–۰	برنده	مقدماتی جام ملت های آسیا ۲۰۰۰
١٠	١٢ اکتبر ٢٠٠١	تهران، ایران	عراق	۲–۱	برنده	مقدماتی جام جهانی ۲۰۰۲
۱١	١٨ فوریه ٢٠٠۴	تهران، ایران	قطر	۳–۱	برنده	مقدماتی جام جهانی ۲۰۰۶
۱٢	٣٠ مارس ۲۰۰۵	پیونگ یانگ، کره شمالی	کره شمالی	۲–۰	برنده	مقدماتی جام جهانی ۲۰۰۶
۱٣	۱۵ اکتبر ۲۰۰۹	تهران، ایران	کره شمالی	۲–۱	برنده	مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۰

مهدی مهدوی کیا که اعلام کرده بود در پایان همین فصل از میادین خداحافظی خواهد کرد، اجرای تصمیمش را چند ماهی جلو انداخت. کاپیتان اول پرسپولیس خداحافظی خود را از میادین فوتبال اعلام کرد و در آخرین روزهای سال91 یکی از مهم ترین رویدادهای فوتبال را رقم زد. مهدوی کیا می گوید تا پایان فصل فقط در صورتی که پرسپولیس به فینال جام حذفی برود با چند دقیقه حضور در آن میدان برای همیشه با پیراهن پرسپولیس خداحافظی می کند.

کیا از ابتدای فصل روزهای متفاوتی را در پرسپولیس سپری کرد. مدتی در غیاب کریمی و در روزهای سیاه خوزه، به ستون اصلی تیم تبدیل شد و از سقوط بیشتر سرخپوشان جلوگیری کرد. اما تحولات فراوان تیم در نیم فصل دوم و همزمان یکی دو مصدومیت بدهنگام، کیا را کاملا به حاشیه راند. امروز هم با وجود آمادگی مهدوی کیا بعد از رفع مصدومیت، در ترکیب پرسپولیس جایی برای او وجود ندارد.

مهدی مهدوی کیا که اولین بازی خود را برای پرسپولیس 17 سال قبل انجام داده بالاخره در جلسه ای دو نفره با یحیی گل محمدی به این جمع بندی رسید که دیگر کادر فنی پرسپولیس به او نیازی ندارد و به همین خاطر اعلام کرد دیگر در میادین فوتبال حاضر نخواهد شد.

با این وجود با صحبت های انجام شده قرار است مهدوی کیا در تمرین ها و در کنار تیم حضور داشته باشد. او مثل تمام سال های بی حاشیه ای که در این فوتبال سپری کرد، تصمیم آخر را هم به شکلی گرفته که آرامش اردوی پرسپولیس را به هم نریزد.